رہبرانقلاب اسلامی آیت اللہ العظمی سید علی خامنہ ای نے مرحوم آیت اللہ الحاج سید مصطفی خمینی کی رحلت کی چالیسویں برسی کی مناسبت سے ان کی یاد میں کانفرنس کا انعقاد کرنے والے کمیٹی کے ارکان سے خطاب میں فرمایا کہ مرحوم آیت اللہ مصطفی خمینی علمی استعداد و جرائت، تہذیب نفس، شجاعت اور مجاہدانہ افکار کے لحاظ سے ایک ممتاز انسان تھے اور ان کے علمی اور نظریاتی مقام و مرتبے کو آج کے معاشرے اور موجودہ نسل تک پہنچانا نہایت ضروری کام ہے۔
رہبرانقلاب اسلامی نے 1963 میں امام خمینی رحمت اللہ علیہ کی گرفتاری کے حادثے کے وقت مرحوم مصطفی خمینی کی جانب سے امام خمینی کے لئے فداکاری کا مظاہرہ کئے جانے کی جانب اشارہ کرتے ہوئے فرمایا کہ مرحوم مصطفی خمینی نے اس وقت حضرت معصومہ سلام اللہ علیھا کے حرم کے صحن میں انقلابیوں کو اکٹھا کرکے ایک بڑا اور دلیرانہ کام انجام دیا اور یوں انہوں نے عوامی احتجاج کی مدبرانہ انداز میں قیادت کی۔
رہبرانقلاب اسلامی آیت اللہ العظمی سید علی خامنہ ای نے1977 میں مرحوم آیت اللہ سید مصطفی خمینی کی انتہائی غم انگیز اور پراسرار موت کو بھی عوامی تحریک کے قیام کا محرک بتایا اور فرمایا کہ اس عظیم سانحے کا امام خمینی نے جس انداز سے سامنا کیا اور جس طرح سے انہوں نے اس غم کو خداوندعالم کا لطف خفی قراردیا اس سے صبر وتحمل کے میدان میں امام خمینی کی عظیم شخیصت اور زیادہ نکھر کر سامنے آئی۔ رہبرانقلاب اسلامی نے مرحوم آیت اللہ سید مصطفی خمینی کی تہذیب نفس اور زہد و تقوی اور سادہ زندگی کا ذکرکرتے ہوئے فرمایا کہ باوجود اس کے کہ مرحوم مصطفی خمینی امام خمینی جیسی عظیم شخصیت اور بزرگ مرجع تقلید کے بیٹے تھے لیکن ان کے اندر سادگی اور انکساری ہمیشہ موجزن رہا کرتی تھی۔