آستان قدس رضوی ویب سائٹ کے مطابق اس قرآنی میوزیم میں قرآن کریم کے 17 نسخے اور چند پارے ایسے ہیں جن کی کتابت حضرات معصومین علیہم السلام سے منسوب ہے جن میں امیرالمؤمنین امام علی(ع)، امام حسن(ع)، امام حسین(ع)، امام سجاد(ع) اور امام رضا(ع) کے دست مبارک سے تحریر کردہ قرآنی تحریریں موجود ہیں۔ ان قیمتی نسخوں کو  بہت ہی حفاظت سے اس قرآنی میوزیم میں رکھا گیا ہے ،زیارت امام رضا علیہ السلام سے مشرف ہونے والے زائرین ان قرآنی نسخوں کی قریب سے زیارت کر سکتے ہیں۔
قرآن کریم کا سب سے قدیمی نسخہ جو امام رضا(ع) کے نام  پر  وقف کیا گيا ہے  اس کی تاریخ ہزار سال قبل کی ہے جسے فارسی دری میانہ اور سیستانی لہجہ کے ساتھ ترجمہ کیا گیا ہے قرآن کریم کا یہ نسخہ 6 ہجری قمری سے متعلق ہے اس کے علاوہ اس قرآنی میوزیم میں آٹھ صفحات پر مشتمل قرآن بایسنغری جو کہ دنیا کا سب سے بڑا خطی نسخہ ہے   اس میوزیم میں رکھا گیا ہے ۔

قرآنی میوزیم کا ایک مخصوص شعبہ   ان تحائف سے مخصوص ہے جو  رہبرانقلاب اسلامی کو ملتے رہے ہيں اور انہوں نے ان سبھی تحائف کو   امام رضا علیہ السلام کے حرم کے لئے ہدیہ کردیا ہے  ان تحائف میں   قرآن کریم کے قیمتی نسخے  بھی شامل ہيں جو رہبر معظم انقلاب اسلامی کی جانب سے اس میوزیم کے لئے ہدیہ کئے گئے ہیں،رہبر معظم انقلاب اسلامی کے تحائف والےحصہ اور قرآنی میوزیم میں مجموعی طور پر قرآن کریم کے 130 نسخہ پائے جاتے ہیں اس کے علاوہ قرآنی جزوات اور قرآن کریم کے کئی قیمتی آثار بھی موجود ہیں ۔