Surat al-Baqarah diturunkan secara bertahap dan sebagian besar ayat diturunkan di Madinah, pasca hijrah Rasulullah Saw. Sebagian besar ayat dalam surat al-Baqarah menekankan masalah bahwa ibadah yang sesungguhnya kepada Allah Swt bergantung pada iman hamba-Nya terhadap seluruh kitab yang diturunkan kepada para nabi untuk membimbing umat manusia. Terkait hal ini, dalam ayat-ayat berikutnya orang-orang Kafir, Munafikin, dan Ahlul Kitab, disalahkan mengapa mereka membeda-bedakan agama langit dan utusan ilahi.
Ayat-ayat dalam surat al-Baqarah membahas sejumlah hukum dalam Islam termasuk perubahan kiblat dari Baitul Maqdis ke Ka'bah, hukum-hukum haji, qisas, puasa dan hukum-hukum lainnya.
Ayat-ayat pertama surat al-Baqarah menyebut al-Quran sebagai petunjuk orang-orang mukmin dan bertakwa, serta orang-orang yang mencari kebenaran. Namun pada ayat-ayat berikutnya, hidayah al-Quran ini mencakup seluruh umat manusia. Adapun mengapa kitab al-Quran disebut sebagai petunjuk bagi orang-orang yang bertakwa? Hal itu dikarenakan mereka telah menyerahkan diri pada kebenaran dan mengikutinya. Sebab itu, tingkat hidayah dan petunjuk kepada mereka lebih besar.
19 ayat pertama surat al-Baqarah membagi masyarakat berdasarkan sikap mereka terhadap Islam menjadi tiga kelompok. Kelompok pertama adalah para Muttaqin, yaitu orang-orang yang sepenuhnya menerima dan menyakini Islam. Kelompok kedua adalah Kuffar, yaitu orang-orang yang bersikap sebaliknya dan tidak menyia-nyiakan segala cara untuk menumpas Islam. Kelompok ketiga adalah Munafiqin, yaitu orang-orang yang memiliki dua wajah. Mereka beriman secara lahiriyah namun secara batiniyah mereka adalah orang-orang Kafir. Kerugian dan kerusakan yang ditimbulkan oleh kelompok Munafiqin ini lebih besar daripada kerusakan yang diakibatkan oleh orang-orang Kafir. Sebab itu, al-Quran lebih banyak menyebutkan kecaman kepada kelompok kedua ini.
Setelah memperkenalkan tiga kelompok tersebut, Allah Swt dalam ayat-ayat berikutnya menyebutkan sifat orang-orang mukmin dan bertaqwa. Allah Swt menilai mereka sebagai orang-orang yang beriman kepada alam gaib, menunaikan shalat, berinfak, beriman kepada para nabi dan Rasulullah saw dan menyakini Hari Kiamat. Setelah menjelaskan sifat-sifat orang-orang mukmin, Allah menyebut, mereka adalah orang-orang yang berada dalam hidayah. Allah Swt menyeru masyarakat untuk bergabung dengan para Muttaqin dan tidak menjadi orang-orang Kafir atau Munafik.
Dari ayat 40 surat al-Baqarah, Allah Swt melaknat bangsa Yahudi dan hal ini berlangsung hingga ayat ke-100 dan beberapa ayat selanjutnya. Allah menyebutkan berbagai nikmat-Nya yang dicurahkan kepada bangsa Yahudi dan kemuliaan yang dinisbatkan kepada mereka, serta seluruh kebaikan yang ternyata dibalas oleh kaum Yahudi dengan kekufuran dan pengingkaran mereka. Dalam ayat-ayat tersebut, Allah Swt menyebutkan beberapa fase dalam sejarah bangsa Yahudi seperti selamatnya bangsa Yahudi dari kejaran pasukan Firaun, terbelahnya lautan dan tenggelamnya Firaun yang zalim, penyembahan sapi oleh kaum Yahudi saat Nabi Musa as tidak bersama mereka, permintaan mereka kepada Nabi Musa as agar Allah Swt dapat menampakkan wujud-Nya, adab terhadap mereka akibat permintaan ini, serta peringatan terhadap kaum Yahudi atas perjanjian yang mereka ikat dengan Allah dan mereka sendiri yang melanggarnya. Ayat-ayat ini juga menjelaskan bagaimana hati mereka membatu dan jiwa-jiwa mereka menjadi sengsara.
Ayat 255 dan 256 dalam surat al-Baqarah merupakan ayat yang memiliki keutamaan paling banyak. Ayat yang lebih dikenal dengan Ayat-ayat Kursi ini merupakan penghulu seluruh ayat al-Quran. Dalam buku Daar al-Mantsour dinukil dari Rasulullah bahwa, "Abu Dzar berkata kepada Rasulullah, "Ayat mana yang paling utama yang diturunkan kepada Rasulullah? Nabi menjawab, "Ayat Kursi."
Penamaan umat Islam terhadap ayat Kursi ini juga dikarenakan maknanya yang sangat tinggi mencakup tauhid dan kekuasaan mutlak Allah Swt terhadap segala sesuatu, dan bahwa Allah merupakan awal segala sesuatu dan akhir dari segalanya.
Kata Qayyum pada ayat 256 berarti wujud Allah Swt berdiri dengan Zat-Nya dan kekal. Dalam berbagai riwayat disebutkan bahwa Ayat Kursi merupakan ayat yang paling utama. Pada Ayat Kursi juga ditekankan bahwa tidak ada unsur pemaksaan dalam agama.
