طبق برخی آمارهای غیر رسمی جمعیت مسلمانان ژاپن بین ۸۰ تا ۱۲۰ هزار نفر می‌باشد که ۱۰٪ آنان را بومیان منطقه تشکیل می‌دهند. این در حالی است که تعداد مسلمانان در سال ۱۹۸۲ فقط ۳۰ هزار نفر بود.
هم اکنون در ژاپن نزدیک به ۶۰ انجمن اسلامی وجود دارد که ۲۰ انجمن از آنِ خود ژاپنی‌ها می‌باشند. افزون بر این مؤسسات اسلامی زیادی نیز فعالیت دارند؛ مانند مرکز اسلامی ژاپن، انجمن مسلمانان ژاپن، مسجد توکیو، اتحادیه صلح اسلامی ژاپنی و… که همه‌ی این‌ها در سایه‌ی رشد قبول مطالبات مختلفی است که نسبت به تراکم جمعیتی مسلمانان وجود دارد.
