Au cours de la colonisation espagnole, l'église a joué un rôle majeur dans les prises de décisions politiques aux Philippines, mais lorsque le pays a accédé à l'indépendance, la constitution a adopté la séparation de l'église et de l’état.
Compte tenu de la situation actuelle aux Philippines et des déclarations du président des Philippines, Rodrigo Duterte, il semblerait que cette séparation entre l'Eglise et l’état ne soit pas totalement réalisée.
Le président des Philippines a nié le pouvoir de l'église dans la communauté, et critiqué l'implication de cette institution religieuse dans les affaires politiques. Bien qu'il soit catholique, à plusieurs reprises, il a fait appel au peuple philippin dans ses discours, et violemment attaqué l'église catholique des Philippines déclarant : "L'église croit en un dieu qui a été crucifié et tué », faisant référence à la Trinité dans les croyances chrétiennes, selon laquelle Dieu serait trois personnes distinctes, le Père, le Fils de Dieu incarné en Jésus-Christ et le Saint-Esprit.
Les affrontements verbaux entre le président des Philippines et l’église catholique qui ont commencé avec la politique, l’économie, la corruption et la lutte contre la drogue, se poursuivent et Mohammad Jafari Malek, conseiller culturel de l'Iran à Manille, dans un rapport à l’Agence iranienne de presse coranique Iqna, a présenté un article consacré à l’analyse de ce conflit :
« À la suite des déclarations controversées de Rodrigo Duterte, l’Église catholique a été contrainte d’adopter une position. Les discours de l'Église et des évêques contrastaient beaucoup avec les discours du président dans les médias, et s'opposaient à la mise à mort des trafiquants prévue dans le plan du président pour lutter contre le trafic de drogue. Les critiques du président sont plus populaires et l'Église catholique des Philippines craint la confrontation avec le président sur des questions comme le divorce, interdit dans la religion catholique, et dont le président des Philippines conteste l’interdiction.
Dans un de ses discours, Rodrigo Duterte a critiqué l’interdiction du divorce par l'église. Beaucoup de législateurs plaident pour l'adoption d'une loi sur le divorce, mais ces lois sont rendues caduques par les politiciens qui ont une vision conservatrice du mariage.
L’autre défi auquel le président des Philippines est confronté, est l’aide que les gens apportent à l’église et la manière dont les responsables de l’Église utilisent ces fonds, ces problèmes ont été évoqués par le président philippin ces derniers jours.
La question des trafiquants est à la fois un problème religieux et un problème de droits de l’homme car selon Duterte, les trafiquants de drogue doivent être condamnés à mort et le président des Philippines, comme il l’avait promis lors de la campagne de juin 2016, a lancé une campagne massive pour lutter contre le trafic de stupéfiants. Plus de 7700 personnes ont été tuées au cours de l'opération, dont 2500 personnes sans lien avec les trafiquants.
À cet égard, l’opposition et l’église estiment que le président a entrepris un nettoyage politique et plusieurs personnalités politiques dont un sénateur ont été attaquées par le président des Philippines.
Amnesty International a accusé la police philippine de "crimes délibérés et systématiques" et dans un rapport, tout en mettant en garde le gouvernement philippin, a comparé l'approche de la police du pays en matière de lutte contre la criminalité liée à la drogue, à des crimes contre l'humanité.
À la fin de 2018, Rodrigo Duterte, parmi une foule d'agriculteurs, a lancé une nouvelle campagne contre l'Église catholique, lors de la remise de titres de propriété aux agriculteurs de la ville de Kita Pavan pour vingt ans. Le 9 décembre dernier, alors qu'il menait des programmes de réforme agraire dans le pays, il a ridiculisé une des grandes croyances catholiques sur la crucifixion de Jésus et affirmé que c’était une croyance stupide et sans valeur ajoutant : « Notre problème avec les prêtres est qu’ils pensent que leur chemin est juste et que nous sommes tous dans le mauvais chemin ».
Rodrigo Duterte a augmenté ses attaques en décembre dernier, disant que le pays était dominé par l'église et aux mains de l'église, ajoutant que tous les pays sous le contrôle de l'église étaient à la traîne, et a raconté que lorsqu'il était adolescent, il avait été harcelé par un prêtre ajoutant que cela était arrivé chez de nombreux garçons, et que les prêtres feraient mieux de balayer devant leur porte avant de critiquer les autres.
Les attaques contre l'église dans le discours du président lors de la cérémonie du 29 décembre dernier, étaient récentes et le porte-parole du président a déclaré que le président avait plaisanté ou incitait ainsi les autres à débattre mais il est clair que toute négation de ses responsabilités nuit à son prestige politique. Chaque fois que le président parle contre des personnes et des communautés, il commence par dire que c’est l'employé du bureau du président qui a préparé ses discours et ne dit jamais que ce sont ses propres mots.
Lors du discours du 29 décembre, il avait dit que c’était le discours que lui avait donné mon bureau alors que ce discours était en fait le résultat de sa propre perplexité », a déclaré l’attacha culturel dans cet article.
