C'est indiqué dans le Nahj al-Bilaghah qu'au moment de sa mort, sa tête était dans les bras et le cou de l'imam 'Ali. A ce moment-là, parmi ces enfants seulement Fâtima était en vie.
Après son départ, son pur et saint corps fut lavé et enterré dans sa propre maison par 'Ali. Sa maison et sa tombe est aujourd'hui à l'intérieur de la Mosquée du Prophète (Masjid al-Nabbi).
Lorsque 'Ali b. Abî Tâlib et les Banû Hâshim étaient prises dans le rituel du lavement du corps saint du Prophète, d'autres gens privilégiés du la Tribu, indépendamment des derniers paroles du Prophète (à l'évènement du Ghadîr Khumm ) s'étaient réunis pour désigner un chef qui remplacerait le Prophète. Ainsi un groupe des Mecquois (Muhâjirûn) et un groupe des Médinois (Ansâr) s'étaient réunis dans un lieu nommée Saqifeh Banî Sâ'ida pour designer cette personne. Les deux camps (Mecquois et Médinois) n'étant pas unanimes, ils ont commencé à s'en disputer. Chacun réclamait à lui l'héritage et la succession. Enfin certains des Ansârs ont proposé une cohabitation des deux camps : que un représentant de Ansâr et un représentant de Muhajirûn soient choisis, et deux chef dirigent ainsi ensemble la communauté des musulmans. Mais Abûbakr s'en est opposé en disant que une telle décision mettrait en danger l'union du peuple musulman. Il a en revanche proposé, que le calife soit de un homme de Muhâjirûn et ses adjoints soient des hommes de Ansâr de sorte qu’aucune décision ne soit pas prise sans leur consentement. Abûbakr, dans son discours à ce jour là, a cité un hadith du Prophète «الائمه من قریش» , qui joué un rôle crucial. Bien que ce hadith soit controversé, mais ce jour là à Saqifa il a calmé le dispute contre les Ansâr.
Ensuite, après avoir approuvé la supériorité des Muhâjirûn, la deuxième question était de choisir la personne convenable. Encore Après des longues discutes, deux hommes : Umar etAbû-'Ubayda Jarrah, ont choisi Abûbakr et ont fait l'allégeance avec lui. Les autres les ont suivis.
Le lendemain, Abûbakr est allé à la Mosquée du Prophète. Umar a prêché un discours à son éloge et le rôle qu'il a joué dans l'avancement de l'Islam et sa place à côté du Prophète, et demanda ainsi aux de faire l'allégeance avec Abûbakr. Toutes les personnes là-présentes, l'ont suivi, sauf un groupe des Ansâr et la famille du Prophète. Le califat est transmis officiellement à Abûbakr. Cette manière de choisir le calife est devenu ainsi une tradition pour la suite.
Il faut mentionner que ce jour-là, à la Mosquée du Prophète, Abûbakr a fait un discours lors duquel il dit: " Vous m'avez choisi comme dirigeant, mais je ne suis pas meilleurs que vous. Et je suis prêt à renoncer à cette responsabilité. Dans cette gestion, je vais me baser sur le Livre de Dieu et la Tradition du Prophète.
A propos de cet évènement, Shahîdî écrit " le corps du Prophète était resté dans la maison de Aïsha, les siens autour de Lui. Et nous savons que le fiqh de l'islam il faudrait se précipiter pour la préparation du corps du défient et son enterrement. Et quand s'est à propos du corps Prophète même, il peut bien imaginer l'importance! Mais on se demande alors pour quoi ces grands hommes se sont privés de cette affaire? est-ce que ces hommes s'inquiétaient-ils vraiment pour le sort de l'islam et la dispersion des musulmans? On ne peut pas le savoir! Cela fait maintenant à peu près 14 siècles de cet évènement. Mais depuis ce jour un grand fissure est apparue dans la communauté des musulmans, et ce n'est toujours pas réunie.
Parmi ceux qui n'ont pas fait toute de suite l'allégeance avec Abûbakr on peut nommer : Sa'd b. 'Ibâda, 'Ali, Banû Hashim. Il est rapporté que pendant les six mois après la mort du Prophète, où Fâtima était en vie, 'Ali n'a pas fait l'allégeance avec Abûbakr. Mais d'après d’autres faits historiques, ce délai parait trop long.
Mahmoud Hussein écrit que Muhammad avait des dispositions spirituelles précoces, qui l'inclinaient à la solitude et à la méditation, mais aussi à une curiosité intellectuelle, une capacité d'écoute, une ouverture sur le monde, qui l'incitaient à interroger tous les porteurs de savoir qu'il rencontrait, notamment à l'occasion de périples caravaniers. Il s'imprégnait ainsi des grands courants religieux qui traversaient son époque et des signes annonciateurs des changements politiques qui s'y préparaient.
