ساخت مسجد توکیو در سال 1938 با حمایت مالی یک گروه اقتصادی و مالی بزرگ در ژاپن احداث گرديد ولي ساخت مجدد آن پس از تخریب اولیه در سال 2000 به پایان رسید شد.

اين مسجد یکی از مراکز اسلامي در توكيو و نيز محلي براي بازديد از يك مركز اسلامي برای غیرمسلمانان ژاپنی به شمار می‌رود .

در ابتدا امامت این مسجد را عبدالرشید ابراهیم برعهده داشت كه پس از وي امامت این مسجد به عبدالهادی قربانعلی واگذار گرديد .

این مسجد در سال 1986 به علت فرسایش ساختمان تخریب شد و زمین آن به درخواست تركيه در اختیار ترک ها قرار گرفت.

رئیس وقت سازمان دیانت ترکیه این مسجد را بنا کرد که کار ساخت آن در سال 1998 آغاز و در سال 2000 خاتمه یافت.

کار ساخت این مسجد از سوی شرکت تعاونی کاجیما و تزئینات هنری آن توسط اساتید و هنرمندان ترکیه انجام شده است. معماری این مسجد برعهده محرم هیلمی سنالپ بود. روی درب ورودی این مسجد و مرکز فرهنگی آن سنگ مرمریني قرار گرفته كه روی آن تاریخ ساخت این مسجد که سال 1420 هجری قمری بوده حک شده است.

بر روي درب ورودي مركز فرهنگي مسجد فوق جمله " مركز فرهنگي تركيه " درج گرديده و نمايشگاهي از مساجد تركيه و نيز برخي محصولات فرهنگي تركيه در آن محل در معرض فروش گذاشته شده است .

سبک معماری این مسجد و مرکز فرهنگی در توکیو ژاپن به سبک معماری دوره عثمانی است .

مسجد توکیو ظرفیت 2 هزار نفری دارد و شبستان اصلی از شبستان ویژه بانوان جدا شده است. گنبد این مسجد دارای 23 متر ارتفاع است و ارتفاع مناره های آن به 41 متر می رسد.

مسجد جامع توکیو که گاهی به علت منطقه ای که در آن واقع شده از آن با عنوان مسجد یویوگی نیز یاد می کنند دربرگیرنده شبستان اصلی، کتابخانه، سالن نمایش، اتاقهای کنفرانس، اتاق کنترل و همچنین محل اقامت امام مسجد است.

این مسجد یکی از اماکن فراگيري دین اسلام در ژاپن تلقی می شود و بسیاری از مردم ژاپن برای مطرح کردن پرسش های خود و شناخت دین اسلام به این مسجد مراجعه می کنند.