حضرت آیت‌الله‌ العظمی سید علی سیستانی، مرجع عالی‌قدر تشیع در نجف اشرف، با صدور پیامی مراتب تسلیت و همدردی عمیق خود را در پی درگذشت فقیه و مرجع برجسته تقلید، آیت‌الله‌ شبیری زنجانی، ابراز داشتند. متن پیام بدین‌شرح است:

بسم الله الرحمن الرحیم
انا لله و انا الیه راجعون

ارتحال مرجع عالیقدر فقیه اهل بیت عصمت و طهارت (علیهم السلام) آیت الله آقای حاج سیدموسی شبیری زنجانی (رضوان الله علیه) ضایعه ای دردناک و خسارتی عظیم است.

آن بزرگوار که سراسر عمر پر برکت خود را در راه تحقیق و تعلیم سپری کردند از بزرگان علمای اعلام و اساطین حوزه علمیه مبارکه قم و از مصادیق برجسته عالم ربانی بودند.

آثار گران بهای علمی و دیگر خدمات دینی معظم له میراثی ارزنده و رفتار و منش عملی ایشان همواره الگویی ماندگار برای اهل علم خواهد ماند.

أعلی الله مقامه الشریف و حشره مع أجداده الطیبین الطاهرین.

اینجانب با تأثر و تأسف فراوان این مصیبت بزرگ را به آستان مقدس حضرت ولی عصر (ارواحنافداه) و به حوزه های علمیه و به بستگان محترم آن فقید سعید به ویژه آقازادگان گرامی و مکرمشان و به عموم مومنین تسلیت عرض نموده و از خداوند متعال برای همگان صبر جمیل و اجر جزیل مسألت دارم.

لَا حَوْلَ وَ لَا قُوَّهَ إِلَّا بِاللَّهِ الْعَلِیِّ الْعَظِیمِ
علی حسینی سیستانی
۹ ربیع الثانی
۱۴۴۸ هجری