इमाम अली अलैहिस्सलाम की शहादत के बारे में कहा जाता है कि जिस रात नमाज़ के दौरान उनके सिर पर तलवार से वार किया गया उस रात वे अपनी एक बेटी "उम्मे कुलसूम" के घर इफ़तार पर मेहमान थे।  इफ़तार के समय उन्होंने बहुत ही कम खाना खाया।  हज़रत अली ने केवल तीन निवाले खाए और वे उपासना करने में लीन हो गए।  इस रात वे बहुत ही व्याकुल दिखाई दे रहे थे।  उस रात वे बारबार आसमान की ओर देखते थे।  जैसे-जैसे इफ़्तार का समय निकट होता जा रहा था उनकी व्याकुलता बढ़ती जा रही थी।  इसी रात उन्होंने कहा था कि न तो मैं झूठ बोलता हूं और न ही जिसने मुझको ख़बर दी है वह झूठ बोलता है।  जिस रात का मुझसे शहादत का वादा किया गया है वह यही रात है।  अंततः रात अपने अंत की ओ बढ़ी और हज़रत अली फज्र की नमाज पढ़ने के उद्देश्य से मस्जिद की ओर बढ़े।

जिस समय हज़रत अली अलैहिस्सलाम नमाज़ पढ़ने के लिए अपने घर से मस्जिद के लिए निकल रहे थे तो घर में पली हुई बत्तख़ों ने इस प्रकार से उनका रास्ता रोका कि वे उन्होंने अपनी चोंच से इमाम की अबा को पकड़ लिया।  घरवालों ने जब इन बत्तख़ों को इमाम से दूर करना चाहा तो उन्होंने कहा कि उनको छोड़ दो।  इनको इनके हाल पर छोड़ दो।  अपने पिता के व्यवहार और उनकी बातों को सुनकर उम्मे कुलसूम परेशान हो गई।  उनको संबोधित करते हुए इमाम अली ने कहा कि ईश्वर ने जो लिख दिया उसे काटा नहीं जा सकता।  इतना कहने के बाद हज़रत अली पूरी दृढ़ता के साथ मस्जिद की ओर बढ़े।

हज़रत अली अलैहिस्साम मस्जिद पहुंचे और उन्होंने नमाज़ पढ़ना शूर की।  वे जैसे ही सजदे में गए, "इब्ने मुल्जिम" नामक दुष्ट व्यक्ति ने ज़हर से बुझी तलवार से हज़रत अली के सिर पर वार किया।  तलवार के सिर पर लगते ही उससे ख़ून निकलने लगा।  तलवार का घाव बहुत गहरा था जिसके कारण उनके शरीर का बहुत सा ख़ून वहीं पर बह गया।  अपने सिर पर तलवार का वार पड़ने के बाद हज़रत अली ने कहा था कि काबे के रब की सौगंध में सफल हो गया।

हज़रत अली और ईश्वर के बीच नमाज़ सबसे अच्छा संपर्क थी।  नमाज़ की हालत में वे ईश्वर के अतिरिक्त किसी अन्य के बारे में नहीं सोचते थे।  नमाज़ की हालत में सिर पर ज़हरीली तलवार खाने के बाद उन्होंने अपने परिजनों के लिए जो वसीयत की उसमें उन्होंने कहा था कि नमाज़ें पढ़ों और उनकी सुरक्षा करो क्योंकि वे धर्म का स्तंभ हैं।  नमाज़ के संदर्भ में शेख अबूबक्र शीराज़ी अपनी एक पुस्तक में लिखते हैं कि परहेज़ करने वालों के बारे में सूरे ज़ारेयात की आयत संख्या 17 और 18 में ईश्वर कहता है कि वे लोग रात में बहुत ही कम सोते हैं और भोर समय ईश्वर से पश्चाताप करते हैं।  यह आयतें हज़रत अली के बारे में हैं।  इसका कारण यह है कि हज़रत अली अलैहिस्सलाम, रात के अधिकांश भाग में उपासना करते थे और रात के आरंभिक हिस्से में सोते थे।  नमाज़ के बारे में हज़रत अली अलैहिस्सलाम का बहुत ही मश्हूर कथन है कि इससे पहले कि कोई भी मुसलमान नमाज़ पढ़ता, मैं सात वर्षों तक पैग़म्बरे इस्लाम (स) के साथ नमाज़ पढ़ चुका था।

हज़रत अली अलैहिस्सलाम ने कूफे की मस्जिद में अपनी अन्तिम नमाज़ में यह बात कही थी कि मैं सफल हो गया।  उन्होंने एक छोटे से वाक्य के माध्यम से यह बताया कि शहादत के लिए वे कितने व्याकुल थे।  तलवार से घायल हो जाने के बाद जब कूफ़ावासियों ने इमाम अली के बारे में जानना चाहा तो आपने कहा कि ईश्वर की सौगंध मेरे साथ एसा कुछ नहीं हुआ जो मैं न चाहता हूं।  मुझको शहादत की प्रतीक्षा थी जो मुझको हासिल हो गई।  मेरी स्थिति वैसी ही है जैसे कोई अंधेरी रात में किसी मरूस्थल में पानी की खोज में हो और एकदम से उसे पानी का सोता मिल जाए।  उन्होंने कहा कि मेरी मिसाल उस ढूंढने वाले व्यक्ति की सी है जिसे अपनी मेहनत का फल मिल जाए।