يقع المتحف الإسلامي عند الزاوية الفخرية، جنوب غرب المسجدالأقصى المبارك، وهو بقايا صغيرة من مبنى الزاوية الفخرية الكبير الذي هدمته إسرائيل عند احتلالها للقدس عام 1967؛ حيث قامت بهدم حارة المغاربة وحي الموارنة وحي الحدارنة وحي الشرف.

وقد بقي المتحف الإسلامي الذي كان عبارة عن مصلى، جزءاً من الزاوية الفخرية المهدمة التي لم يبق منها إلا مئذنتها والمتحف.
 
وقد تأسس هذا المتحف بأمر من المجلس الإسلامي الأعلى في فلسطين عام 1923، وهو بذلك يعتبر أول متحف تأسس بفلسطين واتخذ المتحف الرباط المنصوري الذي يعود تاريخ إنشائه إلى الملك المنصور قلاوون(681-1282)، مقراً له عند تأسيسه.
 
وفي عام 1929 تم نقله إلى داخل الحرم الشريف، حيث شغل قاعتين تشكلان زاوية قائمة في الجهة الجنوبية الغربية لمنطقة الأقصى.

ومن أهداف تأسيس هذا المتحف: إبراز التراث الإسلامي، وصيانة وعرض مخلفات إعمار المسجد الأقصى وقبة الصخرة، وجعله مركزاً علمياً للمهتمين بالدراسات الإسلامية.
 
وتضم مقتنيات هذا المتحف آثاراً إسلاميةً من زمن الصحابة، والعصور: الأموي، والعباسي، والمملوكي، والعثماني، والعصر الحديث؛ فيحتوي على نسخ قرآن نادرة وفريدة بحجمها، تبلغ أطوال صفحاته المترين ونصف؛ وأدوات الطهي للجيش الإسلامي؛ والسيوف وأدوات الحرب، من رماح وأزياء عسكرية، بما في ذلك الخوذ، وسيف خالد بن الوليد؛ ومن العصر الحديث الجديد، يوجد ملابس الشهداء الفلسطينيين الذين سقطوا على تراب الأقصى.
 
وتمثل معروضات المتحف صورة مصغرة عن نتاج الحضارة الإسلامية عبر القرون الماضية، كما تعكس ثلاثة أبعاد هي: البعد الزمني: حيث أن معروضات المتحف تمثل فترة تزيد على العشرة قرون؛ ثم البعد الجغرافي أو المكاني: ويتجسد في عرض مجموعات تغطي أقاليم مختلفة من العالم الإسلامي؛ أما البعد الثالث فيشمل مجالات الفن الإسلامي، كالخط، والزخرفة، والنقوش الحجرية والخشبية، والنسيج، وآلات الحرب، والنقود.
 
ويحتوي المتحف على مجموعة مصاحف مكتوبة بخط اليد تعود الى فترات مختلفة، وكانت موقوفة على المسجد الأقصى المبارك وقبة الصخرة المشرفة وبعض مساجد فلسطين، وقسم كبير منها مذهب ومزين برسومات جميلة.

ومن بين تلك المصاحف ثلاثة مصاحف منها: مصحف نادر كتب بالخط الكوفي، وهو غير مكتمل الكتابة؛ وهناك مصحف يعرف بالمصحف الكبير(190 / 110سم) من أوقاف الملك الأشرف برسباي على المسجد الأقصى؛ أما المصحف الثالث، فهو مصحف فريد كتب بالخط العربي، ويضم ثلاثين جزءا، وعليه زخارف هندسية ونباتية. كما يحتوي المتحف على نسخة مغربية وحيدة من المصحف الشريف في العالم، ونسخة أخرى تعد من أكبر المصاحف في العالم حجماً.
 
وفي المتحف مئات من الوثائق المملوكية، ومجموعة من الأخشاب المحفورة بنقوش مختلفة ترجع الى الفترة الأموية، وبقايا منبر صلاح الدين الذي أحرق عام 1969.
 
أما القطع المعدنية الموجودة في المتحف، فتعود إلى فترات مختلفة، وتضم: شمعدانات، ومباخر نحاسية، وسيوفاً، وخناجر، وقدوراً، وصواني، وسلطانيات، وأختاماً، وأسلحة تعود معظمها إلى الفترة المملوكية واستخدمت في زخرفتها طريقة "التكفيت"؛ بسبب التحريم الإسلامي؛ حيث لجأ الفنانون إلى طريقة التكفيت؛ أي زخرفة المعادن البسيطة وتزيينها بالمعادن، كالبرونز، والحديد، والنحاس الأصفر؛ بإلصاق خيوط من الفضة والنحاس الأحمر، وحتى الذهب، لكي تكتسب رونقا وبهاء؛ غير أن الفنانين لم يتقيدوا بحذافير التحريم، ويشهد على هذا مجموعة نادرة من الأدوات الفضية المزخرفة بمادة سوداء (نييلو) ومحلاة بالكتابات المنمقة، والتي صنعت على ما يبدو للأثرياء وذوي المراكز الهامة، الذين سمحوا لأنفسهم التغاضي عن التقاليد الإسلامية بهذا الشأن.
 
كما تعرض مجموعة من تيجان الأعمدة الحجرية التي كانت مستخدمة في المسجد الأقصى.

كذلك يقتني المتحف مجموعة من القاشاني التي كانت يوما تغطي مثمن قبة الصخرة، وفي عدة فترات تاريخية؛ ومن هنا يمكن القول أن المتحف يقتني مجموعة نفيسة من القاشاني تعود لمختلف العصور الإسلامية.
 
كما يقتني المتحف كذلك مجموعة هامة من الزجاجيات، تتألف من قوارير وأباريق وقناديل وصحون ومكاحل، من أهمها: مشكاة مموهة بالمينا نقلت من الحرم الإبراهيمي بمدينة الخليل، تعود الى العهد المملوكي، عليها زخارف نباتية وكتابات، وكتب عليها اسم السلطان المملوكي "المعز الأشرف العالي المولوي، سيف الدين إينال اليوسفي.
 
يعرض المتحف في القاعة مجموعة أدوات زجاجية من إيران خاصة من شيراز القرون 18-19. وهذه الأدوات يكمن سر جمالها في أشكالها التجريدية المثيرة، وألوانها الجريئة.  وقد صنعت الأدوات الزجاجية بطريقة النفخ الحر، أو النفخ في القالب، ثم زخرفت بطرق فنية تمخضت عن إنتاج أوان ذات أشكال مميزة.
 
وتم إعداد المتحف بطريقة تعليمية، بحيث يمكن تتبع تطور الفن الإسلامي منذ فجر الإسلام حتى نهاية القرن التاسع عشر؛ وتم ترتيب المعروضات الزجاجية فيه تبعا للطرق الفنية التي استخدمت في زخرفتها. 

ويتميز المتحف بوجود مكتبة أبحاث شاملة لمختلف الفنون والآثار الإسلامية، وتحتوي على مؤلفات ودراسات في مواضيع أخرى متعلقة بالإسلام، كالدين، والأدب والجغرافية؛ وأبحاث حول الفنون الساسانية، البيزنطية والقبطية التي كان لها تأثير على الفن الإسلامي؛ إلى جانب أرشيف صور وشرائح. ويتميز المتحف بوجود مختبر للتصوير، يمكن للزائرين الاستفادة منه.