مسجد شجره یکی از مساجد بسیار مهم خارج از مدينه بوده و به عنوان یکی از میقات ها و مساجد احرام از اهمیت بسزایی برخوردار است. کسانی که قصد ورود به مکّه معظمه و بیت الله الحرام را دارند چه ساکن و چه مسافر باشند، بدون بستن احرام حق ورود به این شهر را ندارند.
در راه خروجي مدينه به سمت مکه، در فاصله هشت کيلومتري مسجد النبي (ص) در جنوب مدينه; سه کيلومتر پس از مسجد قبا، منطقه ذوالحليفه است که مسجد شجره يا ميقات يا ذوالحليفه در آنجا قرار دارد.
اين مسجد، ميقات کساني است که از مدينه عازم حج يا عمره مي شوند.
مسجد شجره در محلي واقع شده که رسول خدا صلي الله عليه وآله وسلم در وقت رفتن به مکه ، در زير درخت سمره نماز خوانده و به همين مناسبت ، آن را مسجد شجره مي نامند.
مي‌توان چنين بيان داشت كه باري تعالي اماكني را از طريق رسول اكرم (ص) به عنوان ميقات در سرزمين وحي مشخص كرده كه داراي قداست است و مسجده شجره هم يكي از اين اماكن مقدس و با اهميت نزد مسلمانان به شمار مي‌آيد.
افزون بر آن، رسول خدا صلي الله عليه وآله وسلم در جريان سفر سال ششم هجرت که منتهي به امضاي معاهده حديبيه شد، در همين جا مُحْرم گرديدند . در سال هفتم جهت عمرة القضاء و همچنين در سال دهم هجري براي انجام حَجّة الوداع در آنجا مُحرم شدند . طبيعي است اهميت اين مکان از لحاظ ديني مسلّم بوده و به دليل استفاده دائم مردم از آن ، همواره مورد توجه بوده است.
در قرون گذشته اين منطقه به نام بئر علي يا آبار علي خوانده مي شد. بنا به روايتي از حضرت صادق عليه السلام، اين ناحيه به اقطاع ، به امام علي عليه السلام واگذار گرديد. به همين جهت، چاه هاي آن نيز که متعلق به آن حضرت بود، به نام آبار علي شناخته شده است.
مسجد شجره در قرن هشتم دچار خرابي شد، اما همچنان مورد استفاده بود. گويا در بناي اوليه، شبستان و صحن داشته، اما در قرون هشتم و نهم تنها ديواري گرد آن بوده است. اين مسجد در دوره عثماني در سال 1058 قمري، به دست يکي از مسلمانان هند بازسازي گرديد و مناره اي براي آن ساختند.
آخرين بازسازي مسجد در روزگار ملک فهد بن عبدالعزیز صورت گرفت و منطقه بسيار وسيعي به مسجد و امکانات جانبي مانند پارکينگ اختصاص يافت ، به طوري که اکنون جمعاً مساحت آن نود هزار متر مربع مي شود. مساحت خود مسجد حدود 26000 متر مربع است. مسجد شجره ، يکي از زيباترين معماري ها را در ميان مساجد بازسازي شده مدينه منوره دارد.
