حضرت آیت الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی در دیدار دست‌اندرکاران همایش بزرگداشت مرحوم آیت الله حاج سیدمصطفی خمینی در آستانه چهلمین سالگرد رحلت ایشان، ضمن قدردانی از برگزاری چنین کنگره‌ای، مرحوم حاج آقا مصطفی را از ابعاد مختلف دارای شخصیتی برجسته دانستند و گفتند: ایشان از لحاظ استعداد و جرأت علمی، تهذیب نفس، شجاعت و منش مبارزاتی، انسانی ممتاز بود و معرفی جایگاه علمی و افکار ایشان به جامعه و نسل امروز، کار بسیار خوب و لازمی است.
حضرت آیت الله خامنه‌ای به جایگاه تأثیرگذار مرحوم حاج سیدمصطفی خمینی در حادثه مهم دستگیری امام(ره) در سال ۴۲ اشاره کردند و افزودند: آن مرحوم در آن زمان با حضور در صحن حرم حضرت معصومه سلام الله علیها و گرد آمدن مبارزین در کنار ایشان، کار بزرگ و شجاعانه‌ای انجام داد و توانست حرکت مردم را هدایت کند.
رهبر انقلاب اسلامی، درگذشت مرموز و بهت آور مرحوم حاج سیدمصطفی خمینی در اول آبان سال ۱۳۵۶ را نیز، زمینه ساز ایجاد موج مردمی بیان کردند و گفتند: نحوه مواجهه امام(ره) با این فقدان سنگین که آن را از الطاف خفیه الهی دانستند، بخشی از شخصیت عظیم امام بزرگوار را در تحمل این مصیبت، و صبر بر آن نشان داد.
حضرت آیت الله خامنه‌ای با اشاره به تهذیب نفس و گرایش سلوکی مرحوم حاج سید مصطفی خمینی و ساده زیستی و زهد ایشان، خاطرنشان کردند: آن مرحوم با اینکه فرزندِ شخصیت و مرجع بزرگی همچون امام خمینی(ره) بود اما ذره‌ای از نشانه‌های آقازادگی در وی نبود.
ایشان افزودند: مرحوم حاج سیدمصطفی خمینی به‌شدت علاقمند و عاشق امام بود و کوچکترین تعرض به شخصیت امام را بر نمی تابید.
پیش از سخنان رهبر انقلاب اسلامی، حجت الاسلام و المسلمین رشاد رئیس شورای سیاستگذاری همایش بزرگداشت مرحوم آیت الله حاج سیدمصطفی خمینی و آقای محمدعلی انصاری دبیر همایش، گزارشی از برنامه‌های کنگره بزرگداشت مرحوم آیت الله حاج سیدمصطفی خمینی و اقدامات انجام‌شده بیان کردند.
