جنوب سودان با حدود 620 هزار کيلومتر مربع مساحت، منابع مهمي از قبيل نفت در اختيار دارد. اما مهم ترين مساله در اين باب انتقال نفت است که اگر قرار باشد از بخش شمالي ترانزيت نشود، اين مهم بايد از کنيا در جنوب صورت پذيرد.

توسعه بخش کشاورزي در کشور جنوب سودان بسيار حائز اهميت است زيرا کشاورزي يکي از راه هاي اصلي امرار معاش مردم در مناطق جنوبي اين کشور است. دولت جنوب سودان بايد در اين زمينه سرمايه گذاري هاي ويژه اي انجام بدهد.

فقدان نهادهاي اداره کشور، چالش هاي امنيتي و سياسي، اختلافات قومي و سياسي، و بيسوادي اکثريت ساکنان جنوب از چالش هاي عمده کشور جديد التاسيس است. با اين حال تصور مي شود که غربي ها و رژيم صهيونيستي سرمايه گذاري هاي گسترده اي در جنوب سودان انجام دهند.

حل اختلافات با خارطوم بر سر مالکيت سه منطقه ابيه (نفت خيز)، منطقه نيل آبي و کوه هاي النوبه از چالش هاي ديگر کشور جديد است.

برخي کارشناسان با اشاره به مشکلات و چالش هاي پيش روي کشور جديد، عقيده دارند ساختار دولت کشور جنوب سودان با کشور شمال سودان تفاوت چنداني نخواهد داشت. بايد دولت جنوب سودان از صفر ايجاد شود.

فقدان نيروهاي کارامد يکي از چالش هاي اصلي براي تشکيل چنين دولتي است. مسائل فرقه اي و قومي نيز در اين ميان نقش خودش را دارد زيرا اين مسائل در جنوب سودان بسيار حائز اهميت است و مي تواند بر عملکرد و ساختار دولت به شدت تاثيرگذار باشد و به بروز مشکلاتي از قبيل فساد دولتي و رابطه بازي منجر شود.