مسجد شجره که مسجد ذوالحلیفه یا میقات ابیارعلی نیز نامیده می شود، از مساجد تاریخی منطقه مدینه است، پیامبر گرامی اسلام (ص) هنگام رفتن به مکه مکرمه، در زیر درخت سمره نماز خواند و به همین مناسبت، آن را مسجد شجره می نامند.

در راه خروج از مدینه منوره به سمت مکه مکرمه، در فاصله هشت کیلومتری مسجد النبی (ص) درجنوب مدینه، منطقه ذوالحلیفه قرار دارد که مسجد شجره، یا میقات یا مسجد ذوالحلیفه یا میقات ابیارعلی نیز نامیده می شود. مسجد شجره محلی است که رسول خدا (ص) هنگام رفتن به مکه ، در زیر درخت سمره نماز خواند و به همین مناسبت، آن را مسجد شجره می نامند.

این مسجد از مساجد بسیارمهم خارج از مدینه و میقات کسانی است که از مدینه منوره عازم حج یا عمره می شوند. کسانی که قصد ورود به مکه معظمه و بیت الله الحرام را دارند چه ساکن و چه مسافر باشند، بدون بستن احرام حق ورود به این شهر را ندارند. مسجد شجره درقرن هشتم دچار خرابی شد، اما همچنان مورد استفاده بود. گویا در بنای اولیه، شبستان و صحن داشته، اما در قرون هشتم و نهم تنها دیواری گرد آن بوده است. این مسجد در دوره عثمانی در سال 1058 قمری، به دست یکی از مسلمانان هند بازسازی شد و مناره ای برای آن ساختند.

مسجد شجره در روزگار ملک فهد بن عبدالعزیز باردیگر بازسازی شد و منطقه بسیار وسیعی به مسجد و امکانات جانبی مانند پارکینگ اختصاص یافت، این مسجد در حال حاضر 26 هزار مترمربع زیربنا دارد که با احتساب امکانات جانبی، مساحت آن به 90 هزار مترمربع می رسد.

مسجد شجره، یکی از زیباترین معماری ها را در میان مساجد بازسازی شده مدینه منوره دارد و پس از مسجدالنبی، یکی از بزرگترین و زیباترین مساجد مدینه به شمار می رود.