مسجد کبود در شهر مزار شریف در افغانستان واقع مي باشد . برخي از برادران حنفي مذهب معتقدند كه مزار امام علی بن ابی‌طالب در اين محل مي باشد . به همين خاطر ساليانه هزاران نفر از داخل و خارج افغانستان براي بازديد و زيارت از اين مكان به مزارشريف سفر مي نمايند .

البته لازم به ذكر است كه اعتقاد غالب مسلمانان بر اين باور مي باشد كه مزار امام علی بن ابی‌طالب در شهرنجف اشرف و در کشور عراق قرار دارد.

در طول صد ها سال گذشته مسجد فوق داراي فراز و نشيب هاي بسياري بوده است .

بارها اين محل ويران و مجددا بازسازي گرديد. در طول تاريخ چند صد ساله گذشته سلاطين بسياري نيز از اين محل بازديد داشته اند كه از آنجمله سلطان سنجر ، سلطان حسین بایقرا و غيره بوده اند .

در دوران سلطان حسین ساخت گنبد و بارگاه در آن‌ محل آغاز مي گردد . وي در ابتدا چندين ساختمان‌ و بازاری را احداث نموده و يكصد تن از بزرگان هرات را بدانجا منقل و كانالي از رودخانهٔ بلخ را نيز جدا ساخته و به آنجا مي آورد که معروف به "نهر شاهی" مي گردد و ... . مردم نیز از اطراف و اكناف بدانجا روی آورده و در نهايت شهر بزرگی احداث مي گردد كه به مزار شریف مشهور مي گردد.

در دوران عبدالمؤمن خان ازبک یازدهمین امیر شیبانی، گنبدی بر آن ساخته مي گردد .

محمد خان دومین امیر دودمان جانی تزئيناتي در ساختمان‌ها ايجاد و باغ هاي متعددي را احداث مي نمايد .

در زمان محمد مقیم خان تعميرات بازسازي انجام و در زمان امیر علم خان و امیر عبدالرحمن خان نیز تعمیراتی در آن محل صورت مي گيرد و در دروان محمد ظاهرشاه آخرين شاه در افغانستان نيز بر تزیینات ایوان ورودی و دیگر بخش‌ها افزوده مي گردد .

عده بسياري عقیده دارند كه مسجد کبود مزار شریف بدليل انتساب به امام علي عليه السلام محترم مي باشد .

سر در مسجد کبود مزار شریف و شعری از عبدالرحمان جامی

مسجد فوق از کاشی ساخته شده و داراي صحن فراخی مي باشد که چهار درب بزرگ کاشیكاري شده مي باشد . محل فوق دارای چهار درب مي باشد که هر کدام به طرف خیابانی باز می‌گردد و داخل محل فوق داراي نقاشی هاي زيبائي است که بدستور محمد ظاهرشاه انجام شده است .

نماز جماعت در محل فوق برگزار و در سمت قبله قرآن‌های نفيس فراواني برای قرائت قاریان گذاشته شده‌است.