مسجد ابن طولون پس از مسجد عمرو در فسطاط ، قدیمی ترین و سالم ترین مسجد به جای مانده در مصر است و بر طبق کتیبه ای که در مسجد پیدا شده ، تاریخ اتمام بنای آن ،265 هجری/ 879 میلادی است.

احمد ابن طولون از سربازان سپاه عباسی در سامرا بود که توانست در سال 254 هجری حکومت مصر را در دست گیرد . بر طبق سنت خلفاء مسلمان ، نخستین اقدام وی بنا نهادن پایتختی جدید بود که قطائع نام گرفت و در نزدیکی فسطاط واقع شده بود. وی در مرکز این شه ر، کاخ ، میدان اسب دوانی و مسجدی ساخت که به نام وی مشهور شد.

منابع غربی و نیز مقریزی، مورخ مصری، ادعا می کنند که معمار این مسجد یک مسیحی مصری است که ایده جایگزینی جرز به جای ستون های نگهدارنده سقف را ارائه داده است در حالیکه احمد فکری دیگر پژوهشگر مصری، معتقد است این ادعا تلاش دیگری از سوی مسیحیان است در جهت مرتبط ساختن نمونه های موفق و بدیع معماری مسلمانان به تمدن مسیحی.

مقریزی ، خود در جای دیگری نقل می کند: " ابن طولون در خصوص ساخت مسجدی نظر خواست که اگر تمامی مصر در آتش بسوزد در برابر آن تاب بیاورد و اگر تمامی مصر در سیلاب غوطه ور شود این مسجد همچنان بر جای بماند". به او پیشنهاد کردند که آن را از آجر سرخ ، گچ و خاکستر بسازد و هیچ ستون مرمری در ساخت آن به کار نبرد که در برابر آتش مقاومت چندانی ندارند ؛ او نیز چنین کرد.

پلان مسجد مستطیل شکل است و صحنی مربع شکل در میان آن قرار گرفته است. وضوخانه ای در مرکز صحن ساخته شده که پیش از آتش سوزی بزرگ سال364 هجری/ 986 میلادی، فواره ای به جای آن قرار داشته است. اطراف صحن را شبستانهایی در بر گرفته که شبستان سمت دیوار قبله 5 ردیف و باقی 2 ردیف ستون دارند. در مرکز دیوار قبله، محراب تو رفته ای وجود دارد که جناغی شکل است و دو ستون در اطراف آن قرار گرفته است. همچنین در هر طرف محراب اصلی، دو محراب کوچکتر ساخته شده اند که بعدها به مجموعه اضافه شده اند. در ضلع شمالی، شرقی و غربی، فضاهایی به نام زیاده قرار گرفته اند که بعدها به منظور بزرگتر کردن فضای مسجد، به آن افزوده شده و عرضی معادل 11 متر دارند.

به کار گیری روشمند جرزهای آجری در برپا داشتن سقف، پیش از این در معماری مسجد سامرا صورت گرفته بود اما مسجد ابن طولون نخستین نمونه سالم و بدون عیب استفاده از این روش در خارج از سامرا به شمار می آید. تمامی جرزهای به کار رفته در مسجد به طور یکسان، 5 متر ارتفاع دارند در حالیکه به کارگیری ستون های سنگی، چنین امری را ممکن نمی سازد زیرا ستون های سنگی در ابعاد و ارتفاع، تفاوت دارند و نمی توان آنها را دقیقا هم اندازه ساخت. همچنین در بالای جرزها، پنجره هایی با طاق جناغی قرار گرفته اند که نقش آنها کاهش فشار وارد آمده بر پایه ها و نیز هدایت بهتر نور و جریان هوا به داخل شبستان هاست.

هرچند که پیشتر، طاقهای جناغی در بناهای قدیمی تری عباسی نظیر کاخ اخضر و جوسق الخاقانی به کار گرفته شده بود اما در مسجد ابن طولون این طاق ها کاربردی تر شده و در ابعاد بزرگتری اجرا شدند.

تزئینات داخلی بنا اغلب در قاب پنجره ها و تاج جرزها صورت گرفته اند. این تزئینات به صورت نوارهایی شامل خطوط منحنی شکل، غنچه های گل و اشکالی الماس گونه هستند. همچنین ترکیبی از نقوش گیاهی و هندسی مورد استفاده قرار گرفته است که تأثیرات هنر ساسانی و هلنیک را نشان می دهد. نرده های چوبی بالای دیوارها، با قطعات خوشنویسی تزئین شده اند. نمونه این قطعات در اطراف محراب و نیز قاب داخلی پنجره ها نیز مشاهده می شود. باروهای تزئینی با اشکال انسانی ناآشنا، دیوارهای خارجی مسجد را پوشانده اند.

گذشته از اهمیت تاریخی مسجد ابن طولون، این بنا به عنوان یکی از بناهای جریان ساز، تأثیر عمده ای بر معماری سرزمین های اسلامی بر جای گذاشته است. غنای معماری این اثر فراتر از حد انتظار می رود تا آنجا که معماران قرون وسطی به ویژه اروپاییان زبان به تمجید آن گشوده اند.

مسجد ابن طولون یکی از نمونه های نادری است که معماری اروپا را تحت تأثیر خود قرار داده است. این بنا عامل انتقال جرز، طاق های جناغی و دیوارهای بارو مانند به معماری گوتیک اروپا، به شمار می آید. درحقیقت، به نظر می آید ارتباطات گسترده ای که بین بازرگانان غربی با فاطمیان وجود داشته، عامل این انتقال بوده است.