اين مسجد در بين راه نجف و كوفه قرار دارد.
به هنگام حمل سرهاي مطهر شهيدان كربلا به كوفه ، سر مقدس حضرت اباعبدالله الحسين (ع) را بر زمين اين مسجد گذاشتند . نقل است كه در اين هنگام صدايي شبيه به ناله بچه شتر (حنانه) كه مادرش را گم كرده باشد شنيده گرديد .
در نقل ديگري نيز گفته گرديده كه قبل از آن كه امام علي (عليه السلام) را دفن كنند چند لحظه جنازه مطهر ايشان را در اين محل بر زمين گذاشتند و از زمين ناله و شيوني شنيده گرديد . از اين رو بعدها در آن مكان مسجدي ساختند كه آن را حنانه ناميدند .
برخي نيز گفته اند اين نام برگرفته از نام " حنا " ، دير قديمي مسيحيان بوده است .
مسجد حنانه ضريح كوچكي قرار دارد كه محل سر مبارك امام حسين عليه السلام بوده است .
در نزديكي مسجد فوق ، مقبره " الثويه " واقع مي باشد كه تعدادي از ياران و صحابه امام علي (عليه السلام) در آن محل دفن شده اند .
امام صادق(ع) هنگام سفر به کوفه و نجف، در سه مکان توقف نموده و نماز گزاردند كه یکی از آنها در این محل بوده است . هنگامی که علّت را پرسيدند، فرمودند: "وقتي سرهای شهيدان کربلا را به کوفه می‌آوردند تا نزد عبيد الله بن زياد ببرند ، سر مقدّس حضرت سيد الشهدا (ع) را در اين محل بر زمين نهاده اند ."
