در نزدیکی مسجد الازهر یکی دیگر از مسجدهای فاطمی به نام مسجد الحسین قرار دارد که در سال 1154 هجری قمری ساخته شد.

اطلاعات تاریخی نشان می دهد که گچبری مناره های مسجد الحسین مربوط به قرن چهاردهم است و بقیه در سال 1874 پس از بازدید سلطان عثمانی بازسازی شد.

سلطان عثمانی دستور داد که ستون های مرمری از استانبول به مصر منتقل شده و در مسجد به کار برده شوند.

همچنین قرار شد که کار بازسازی با نصب یک منبر چوبی تزئینی تکمیل شوند.

نام این مسجد ار نام امام حسین (ع) گرفته شده است .برخی روایت ها نشان می دهد که سر امام حسین (ع) پس از کشته شدن توسط امویان در سال 680 میلادی در مقبره سبز و نقره ای مسجد مدفون شد.

بر اساس این روایت ها سر امام حسین (ع) به قاهره برده شد و در این مسجد دفن شد.

اما روایت های دیگری نیز وجود دارند مبنی بر اینکه سر امام حسین (ع) در مسجد اموی در دمشق واقع در منطقه عسقلان دفن است.

برخی روایت ها نیز می گویند که  سر امام حسین (ع) به کربلای عراق بازگردانده شده و در آنجا همراه با پیکر مطهرش دفن شده است.

مسجد الحسین یکی از مقدس ترین مکان های اسلامی در مصر است. این مسجد منزلگاه معروفترین و قدیمی ترین نسخه های کامل قرآن کریم است.

مسجد راس الحسین در یکی از معروف ترین خیابان های قاهره در کنار بازار خان خلیلی قرار دارد. جاذبه های عظیم این مسجد بسیاری از گردشگران خارجی و زایران مسلمان را محو تماشای خود می کند.

هیچ منظره ای از قاهره بدون مناره ها و گنبدهای صدها مسجد که «راس الحسین» یکی از آنهاست کامل نمی شود

.

هر عبادتگاه  و مسجد در مصر داستانی برای گفتن دارد و بسیاری شاهد لحظاتی مهم در تاریخ مصر هستند.